Deponert og immatrikulert ved Universitetet i København fra Trondhjems skole (katedralskolen) i 1680 som «Thomas Suenonius» (sannsynligvis ble utdannelsens oppstart utsatt som en følge av Den skånske krig 1675–1679). Han var Famulus (en student eller yngre universitetslærer som går en eldre professor til hånde) på det kongelige bibliotek. Han tok Teologisk eksamen med laudabilis, «rosverdig», og dro så tilbake til sin fødeby, Trondhjem. Her øvde han seg på å tale og predike i byens kirker og på Munkholmen, hvor han kom nærmere bekjentskap med Griffenfeld, som gjennom lærerike samtaler og nyttige tips bidro til hans personlige utvikling og interesse for vitenskap.